GenGIS merges geographic, ecological and phylogenetic biodiversity data in a single interactive visualization and analysis environment. A key feature of GenGIS is the testing of geographic axes that can correspond to routes of migration or gradients that influence community similarity. Data can also be explored using graphical summaries of data on a site-by-site basis, as 3D geophylogenies, or custom visualizations developed using a plugin framework. Standard statistical test such as linear regression and Mantel are provided, and the R statistical language can be accessed directly within GenGIS. Since its release, GenGIS has been used to investigate the phylogeography of viruses and bacteriophages, bacteria, and eukaryotes.
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| - GenGIS merges geographic, ecological and phylogenetic biodiversity data in a single interactive visualization and analysis environment. A key feature of GenGIS is the testing of geographic axes that can correspond to routes of migration or gradients that influence community similarity. Data can also be explored using graphical summaries of data on a site-by-site basis, as 3D geophylogenies, or custom visualizations developed using a plugin framework. Standard statistical test such as linear regression and Mantel are provided, and the R statistical language can be accessed directly within GenGIS. Since its release, GenGIS has been used to investigate the phylogeography of viruses and bacteriophages, bacteria, and eukaryotes. (en)
- GenGIS ist eine freie und Open-Source-Software für die Geo- und Bioinformatik. GenGIS ist für den Umgang mit großen Datensätzen aus Ökologie und (Phylo)-Genetik sowie die Integration von Landkarten geschaffen. Bezüglich Landkarten werden Vektordaten und Rasterdaten unterstützt, was sowohl Karten der Initialtopologie um 3D-Terrain zu visualisieren beinhaltet als auch georeferenzierte Bilddateien für Satellitenbilder. Es ist möglich geografische Achsen zu testen die mit Wanderungsrouten korrespondieren. In einer optionalen Datei können Taxonomien oder molekulare Funktionen gespeichert werden um Sequenzdaten abzubilden. (de)
- GenGIS est un logiciel open source gratuit qui permet d'intégrer, de visualiser et d'analyser des données géographiques, écologiques et phylogénétiques dans un seul système d'information géographique. Une des principales fonction de GenGIS est la détermination des axes géographiques correspondant à des voies de migration ou à des gradients responsable des similarités entre communautés. Les données peuvent également être explorées à l'aide de représentations graphiques synthétiques site par site. Des tests standards statistiques tels que les régressions linéaires ou la théorie des graphes extrémaux sont fournis dans le logiciel. Il est possible d'écrire ses propres scripts en R ou Python directement depuis GenGIS. Depuis sa sortie, GenGIS a été notamment utilisé pour étudier la phylogéograp (fr)
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| - Biodiversity of 19 marine metagenomes from the Global Ocean Sampling Expedition. (en)
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| - Donovan Parks, Mike Porter, Timothy Mankowski, Suwen Wang, Sylvia Churcher, Alex Keddy, Christian Blouin, Jacqueline Whalley, Stephen Brooks, Rob Beiko (en)
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| - GenGIS ist eine freie und Open-Source-Software für die Geo- und Bioinformatik. GenGIS ist für den Umgang mit großen Datensätzen aus Ökologie und (Phylo)-Genetik sowie die Integration von Landkarten geschaffen. Bezüglich Landkarten werden Vektordaten und Rasterdaten unterstützt, was sowohl Karten der Initialtopologie um 3D-Terrain zu visualisieren beinhaltet als auch georeferenzierte Bilddateien für Satellitenbilder. Es ist möglich geografische Achsen zu testen die mit Wanderungsrouten korrespondieren. In einer optionalen Datei können Taxonomien oder molekulare Funktionen gespeichert werden um Sequenzdaten abzubilden. Eigene Skripte zur Datenanalyse können innerhalb von GenGis mit Python und R ausgeführt werden. Bereits enthaltene Funktionen der Statistik umfassen Regressionsanalyse, den , die Berechnung der Alpha-Diversität und die Visualisierung von Matrizen mit hervorgehobenen Paarvergleichen. (de)
- GenGIS merges geographic, ecological and phylogenetic biodiversity data in a single interactive visualization and analysis environment. A key feature of GenGIS is the testing of geographic axes that can correspond to routes of migration or gradients that influence community similarity. Data can also be explored using graphical summaries of data on a site-by-site basis, as 3D geophylogenies, or custom visualizations developed using a plugin framework. Standard statistical test such as linear regression and Mantel are provided, and the R statistical language can be accessed directly within GenGIS. Since its release, GenGIS has been used to investigate the phylogeography of viruses and bacteriophages, bacteria, and eukaryotes. (en)
- GenGIS est un logiciel open source gratuit qui permet d'intégrer, de visualiser et d'analyser des données géographiques, écologiques et phylogénétiques dans un seul système d'information géographique. Une des principales fonction de GenGIS est la détermination des axes géographiques correspondant à des voies de migration ou à des gradients responsable des similarités entre communautés. Les données peuvent également être explorées à l'aide de représentations graphiques synthétiques site par site. Des tests standards statistiques tels que les régressions linéaires ou la théorie des graphes extrémaux sont fournis dans le logiciel. Il est possible d'écrire ses propres scripts en R ou Python directement depuis GenGIS. Depuis sa sortie, GenGIS a été notamment utilisé pour étudier la phylogéographie de virus, de bactériophages, de bactéries et d'eucaryotes. Pour les données géographiques, les fichiers vectoriels ou rasters sont supportés. (fr)
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