UCbase is a database of ultraconserved sequences (UCRs or UCEs) that were first described by Bejerano, G. et al. in 2004. They are highly conserved genome regions that share 100% identity among human, mouse and rat. UCRs are 481 sequences longer than 200 bases. They are frequently located at genomic regions involved in cancer, differentially expressed in human leukemias and carcinomas and in some instances regulated by microRNAs. The first release of UCbase was published by Taccioli, C. et al. in 2009. Recent updates include new annotation based on hg19 Human genome, information about disorders related to the chromosome coordinates using the SNOMED CT classification, a query tool to search for SNPs, and a new text box to directly interrogate the database using a MySQL interface. Moreover,
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| - UCbase is a database of ultraconserved sequences (UCRs or UCEs) that were first described by Bejerano, G. et al. in 2004. They are highly conserved genome regions that share 100% identity among human, mouse and rat. UCRs are 481 sequences longer than 200 bases. They are frequently located at genomic regions involved in cancer, differentially expressed in human leukemias and carcinomas and in some instances regulated by microRNAs. The first release of UCbase was published by Taccioli, C. et al. in 2009. Recent updates include new annotation based on hg19 Human genome, information about disorders related to the chromosome coordinates using the SNOMED CT classification, a query tool to search for SNPs, and a new text box to directly interrogate the database using a MySQL interface. Moreover, (en)
- UCbase é uma base de dados de sequências ultraconservadas (abreviadas na literatura como UCRs ou UCEs, de ultraconserved sequences e ultra-conserved element, respectivamente) que foram descritas pela primeira vez por Bejerano, G. et al. em 2004. São regiões do genoma altamente conservadas que compartilham 100% identidade entre humanos, camundongos e ratos. UCRs são 481 sequências mais longas que 200 bases. Localizam-se frequentemente em regiões genômicas envolvidas em câncer, diferencialmente expressas em leucemias e carcinomas humanos e, em alguns casos, reguladas por microRNAs. A primeira versão do UCbase foi publicada por Taccioli, C. et al. em 2009. (pt)
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| author
| - Professor Cristian Taccioli, Ph.D (en)
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| - ultraconserved sequences database. (en)
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| - The Ohio State University (en)
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| - UCbase is a database of ultraconserved sequences (UCRs or UCEs) that were first described by Bejerano, G. et al. in 2004. They are highly conserved genome regions that share 100% identity among human, mouse and rat. UCRs are 481 sequences longer than 200 bases. They are frequently located at genomic regions involved in cancer, differentially expressed in human leukemias and carcinomas and in some instances regulated by microRNAs. The first release of UCbase was published by Taccioli, C. et al. in 2009. Recent updates include new annotation based on hg19 Human genome, information about disorders related to the chromosome coordinates using the SNOMED CT classification, a query tool to search for SNPs, and a new text box to directly interrogate the database using a MySQL interface. Moreover, a sequence comparison tool allows the researchers to match selected sequences against ultraconserved elements located in genomic regions involved in specific disorders. To facilitate the interactive, visual interpretation of UCR chromosomal coordinates, the authors have implemented the graph visualization feature of UCbase creating a link to the UCSC Genome Browser. UCbase 2.0 does not provide microRNAs (miRNAs) information anymore focusing only on UCRs. The official release of UCbase 2.0 was published in 2014 and is accessible at http://ucbase.unimore.it (en)
- UCbase é uma base de dados de sequências ultraconservadas (abreviadas na literatura como UCRs ou UCEs, de ultraconserved sequences e ultra-conserved element, respectivamente) que foram descritas pela primeira vez por Bejerano, G. et al. em 2004. São regiões do genoma altamente conservadas que compartilham 100% identidade entre humanos, camundongos e ratos. UCRs são 481 sequências mais longas que 200 bases. Localizam-se frequentemente em regiões genômicas envolvidas em câncer, diferencialmente expressas em leucemias e carcinomas humanos e, em alguns casos, reguladas por microRNAs. A primeira versão do UCbase foi publicada por Taccioli, C. et al. em 2009. Atualizações recentes incluem nova anotação baseada em genoma humano hg19, informações sobre distúrbios relacionados às coordenadas do cromossomo usando a classificação , uma ferramenta de consulta para pesquisar por SNPs, e uma nova caixa de texto para questionar diretamente o banco de dados usando uma interface MySQL. Além disso, uma ferramenta de comparação de sequências permite aos pesquisadores combinar sequências selecionadas contra elementos ultraconservados localizados em regiões genômicas envolvidas em distúrbios específicos. Para facilitar a interpretação visual e interativa de coordenadas cromossomiais UCR, os autores implementaram o recurso de visualização de gráficos de UCbase criando uma ligação para um navegador de genoma UCSC. UCbase 2.0 não fornece informação de microRNAs (miRNAs) focando mais somente em UCRs. O lançamento oficial do UCbase 2.0 foi publicado em 2014 e é acessível no enderaço da internet ucbase.unimore.it. (pt)
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| - Professor Carlo M. Croce, MD (en)
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