A Gap penalty is a method of scoring alignments of two or more sequences. When aligning sequences, introducing gaps in the sequences can allow an alignment algorithm to match more terms than a gap-less alignment can. However, minimizing gaps in an alignment is important to create a useful alignment. Too many gaps can cause an alignment to become meaningless. Gap penalties are used to adjust alignment scores based on the number and length of gaps. The five main types of gap penalties are constant, linear, affine, convex, and profile-based.
| Attributes | Values |
|---|
| rdfs:label
| - Gap penalty (ca)
- Gap penalty (cs)
- Gap penalty (en)
- Penalidade para lacunas (pt)
|
| rdfs:comment
| - A Gap penalty is a method of scoring alignments of two or more sequences. When aligning sequences, introducing gaps in the sequences can allow an alignment algorithm to match more terms than a gap-less alignment can. However, minimizing gaps in an alignment is important to create a useful alignment. Too many gaps can cause an alignment to become meaningless. Gap penalties are used to adjust alignment scores based on the number and length of gaps. The five main types of gap penalties are constant, linear, affine, convex, and profile-based. (en)
- Penalidade para lacunas ou Penalidade para gaps (gap penalty) são usadas durante o alinhamento de seqüências. O esquema de penalidade para lacunas contribui para a pontuação geral de alinhamentos e, portanto, o tamanho da penalidade para espaços em relação às entradas na matriz de similaridade afeta o alinhamento que é finalmente selecionado. Selecionando uma penalidade maior para lacunas ou espaços fará com que caracteres menos favoráveis sejam alinhados, buscando o algoritmo a evitar a criação de muitas lacunas. (pt)
- Una Gap penalty, o penalització per buit, com podria dir-se en català, és, en Bioinformàtica, una puntuació típicament negativa assignada a un gap, o buit, en un alineament de dues o més seqüències. Per entendre millor d'on prové el concepte, cal conèixer que les seqüències homòlogues, siguin de nucleòtids (ADN o ARN) o de proteïnes, han divergit d’un ancestre comú, i que l’alineament resultant ens mostra les regions conservades i les regions que han passat per esdeveniments evolutius com ara mutacions, insercions, delecions, duplicacions i inversions. Aquestes seqüències acostumen a ser de diferent longitud degut a les insercions i delecions (indels) produïdes des que les seqüències van divergir. Si són d’un o dos nucleòtids poden generar el desplaçament de la pauta de lectura i sovint te (ca)
- Gap penalty je pojem používaný v bioinformatice při sekvenčním alignmentu, tj. při srovnávání proteinových či nukleotidových sekvencí. Do češtiny jej lze přeložit jako „srážka za mezeru“. Hodnoty gap penalty jsou vytvořeny proto, aby redukovaly skóre sekvenčního alignmentu, který je přerušen indely (inzercemi/delecemi). Hlavními prvky používanými k určování skóre alignmentu jsou shody a neshody v aminokyselinách nebo nukleotidech a právě gaps (mezery, díry). (cs)
|
| foaf:depiction
| |
| dcterms:subject
| |
| Wikipage page ID
| |
| Wikipage revision ID
| |
| Link from a Wikipage to another Wikipage
| |
| sameAs
| |
| dbp:wikiPageUsesTemplate
| |
| thumbnail
| |
| has abstract
| - Gap penalty je pojem používaný v bioinformatice při sekvenčním alignmentu, tj. při srovnávání proteinových či nukleotidových sekvencí. Do češtiny jej lze přeložit jako „srážka za mezeru“. Hodnoty gap penalty jsou vytvořeny proto, aby redukovaly skóre sekvenčního alignmentu, který je přerušen indely (inzercemi/delecemi). Hlavními prvky používanými k určování skóre alignmentu jsou shody a neshody v aminokyselinách nebo nukleotidech a právě gaps (mezery, díry). Jako gap nebo mezeru můžeme označit nepřetržitý sled po sobě jdoucích indelů, tj. deletovaných/inzertovaných aminokyselin či nukleotidů v jedné nebo obou sekvencích alignmentu. Mezera může být rovněž tvořena jen jednou deletovanou/inzertovanou aminokyselinou či nukleotidem. Mezery pomáhají vytvářet alignmenty, které lépe odpovídají fundamentálním biologickým modelům a lépe zapadají do schémat, jejichž nalezení se ve smysluplných alignmentech očekává. Indely a tedy i mezery jsou v sekvenčním alignmentu reprezentovány pomlčkami. Délka mezery je určena počtem indelů. Při srovnávání sekvencí proteinů nebo DNA jsou obě sekvence seřazeny pod sebe a porovnány, aby bylo možné určit, zda spolu sdílejí signifikantně podobné úseky. Skóre alignmentu se přiděluje podle kvality shod a je snižováno srážkami za přítomné mezery. Při srovnávání proteinů se používá skórovací tabulka, která přiřazuje skóre všem možným párům aminokyselinových zbytků, tedy možným aminokyselinovým záměnám. Skóre pro záměnu podobných aminokyselin je kladné, pro záměnu rozdílných záporné. Mezery jsou obvykle penalizovány pomocí lineární funkce, která přiřazuje počáteční srážku za samotnou existenci mezery (gap opening penalty) a dodatečné srážky za rozšiřování mezery (gap extension penalty). Jakou hodnotu gap penalty je v té které skórovací tabulce nejlepší použít je stanoveno empiricky, hodnota je nejčastěji záporná, případně nulová. (cs)
- Una Gap penalty, o penalització per buit, com podria dir-se en català, és, en Bioinformàtica, una puntuació típicament negativa assignada a un gap, o buit, en un alineament de dues o més seqüències. Per entendre millor d'on prové el concepte, cal conèixer que les seqüències homòlogues, siguin de nucleòtids (ADN o ARN) o de proteïnes, han divergit d’un ancestre comú, i que l’alineament resultant ens mostra les regions conservades i les regions que han passat per esdeveniments evolutius com ara mutacions, insercions, delecions, duplicacions i inversions. Aquestes seqüències acostumen a ser de diferent longitud degut a les insercions i delecions (indels) produïdes des que les seqüències van divergir. Si són d’un o dos nucleòtids poden generar el desplaçament de la pauta de lectura i sovint tenen conseqüències deletèries. En canvi, si tenen lloc en tri-nucleòtids (el que es traduiria en un aminoàcid), el resultat és una extensió o escurçament de la seqüència que pot tenir implicacions en la funció de la proteïna. Quan es duu a terme una alineació entre dues o més seqüències, aquestes indels es refereixen conjuntament com a buits, els quals es representen amb un guió “-”. (ca)
- A Gap penalty is a method of scoring alignments of two or more sequences. When aligning sequences, introducing gaps in the sequences can allow an alignment algorithm to match more terms than a gap-less alignment can. However, minimizing gaps in an alignment is important to create a useful alignment. Too many gaps can cause an alignment to become meaningless. Gap penalties are used to adjust alignment scores based on the number and length of gaps. The five main types of gap penalties are constant, linear, affine, convex, and profile-based. (en)
- Penalidade para lacunas ou Penalidade para gaps (gap penalty) são usadas durante o alinhamento de seqüências. O esquema de penalidade para lacunas contribui para a pontuação geral de alinhamentos e, portanto, o tamanho da penalidade para espaços em relação às entradas na matriz de similaridade afeta o alinhamento que é finalmente selecionado. Selecionando uma penalidade maior para lacunas ou espaços fará com que caracteres menos favoráveis sejam alinhados, buscando o algoritmo a evitar a criação de muitas lacunas. (pt)
|
| gold:hypernym
| |
| prov:wasDerivedFrom
| |
| page length (characters) of wiki page
| |
| foaf:isPrimaryTopicOf
| |
| is Link from a Wikipage to another Wikipage
of | |
| is Wikipage redirect
of | |
| is foaf:primaryTopic
of | |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)
