| rdfs:comment
| - Anton – superkomputer zbudowany w w 2008 roku do symulacji dynamiki białek i innych makromolekuł. Potrafi wiernie symulować układy 100 tys. atomów z wydajnością 5,5 mikrosekundy/dobę. Jego nazwa honoruje holenderskiego przyrodnika Antonie van Leeuwenhoek, który jako pierwszy zaobserwował bakterie pod mikroskopem. (pl)
- Антон — 512-процессорный суперкомпьютер, созданный частной компанией для моделирования молекул и лекарств, назван в честь пионера микробиологии Антони ван Левенгука. Процессоры с частотой всего 400 МГц, машина имеет скромную память, но это компенсируется архитектурой, которая позволяет обойти эту проблему методом. Эта система уникальна тем, что она будет следить за поведением молекул более длительное время, чем BlueGene/L. Это означает, что учёные смогут исследовать большее число биологических процессов. (ru)
- Anton is a massively parallel supercomputer designed and built by D. E. Shaw Research in New York, first running in 2008. It is a special-purpose system for molecular dynamics (MD) simulations of proteins and other biological macromolecules. An Anton machine consists of a substantial number of application-specific integrated circuits (ASICs), interconnected by a specialized high-speed, three-dimensional torus network. The ANTON 2 machine with four 512 nodes and its substantially increased speed and problem size has been described. (en)
- Anton es una supercomputadora masivamente paralela diseñada y construida por en Nueva York, que funciona desde el 2008. Es un sistema de propósito específico para simulaciones de Dinámica molecular (DM) de proteínas y otras macromoléculas biológicas. Una máquina Anton consiste en un gran número de circuitos integrados de aplicación específica (ASIC), interconectados por una tridimensional de alta velocidad. La máquina ANTON 2 se ha descripto como una mejora sustancial de velocidad y del tamaño del problema (es)
- アントン（英: Anton）は、によって開発された超並列スーパーコンピュータである。タンパク質など生体高分子の分子動力学シミュレーションに特化したシステムであり、多数の専用集積回路(ASIC)が、特殊な三次元トーラス状の高速通信ネットワークにより接続されている。 理研で開発されたMDGRAPE-3など、以前の分子動力学シミュレーション専用機ではASICと汎用プロセッサとを併用していたのに対し、アントンは計算のすべてをASICにより行う。 アントンのASICは、2つのサブシステムから構成されている。第一のサブシステム、high-throughput interaction subsystem (HTIS)で、静電相互作用とファンデルワールス力の計算の大部分が実行される。このサブシステムは、800 MHzで動作する32のモジュールにより構成されており、Systolic arrayに類する方式で完全にパイプライン化されている。第二のサブシステム、flexible subsystemにより、結合長などの局所的相互作用の計算や、長距離静電相互作用の算出に必要な高速フーリエ変換が実行される。このサブシステムには、Tensilica社製の4個の汎用コアと、ジオメトリーコアと呼ばれる8個のSIMDコアが含まれており、動作クロックは400 MHzである。 (ja)
- Anton є масовим паралельним суперкомп'ютером розробленим і побудованим D. E. Shaw Research в Нью-Йорку. Це система спеціального призначення для молекулярної динаміки (МД) симулювання білків та інших біологічних макромолекул. Машина Anton складається з значної кількості інтегральних схем для специфічного застосування ASIC (абревіатура від англ. Application-specific integrated circuit), з'єднаних між собою за допомогою спеціалізованої високошвидкісної тривимірної тор мережі. На відміну від попередніх систем спеціального призначення для симуляції МД, таких як MDGRAPE-3, розроблена RIKEN в Японії, Anton виконує свої розрахунки виключно на спеціалізованих ASICs, замість поділу обчислень між спеціалізованими ASICs і процесорами загального призначення.Кожен Anton ASIC містить дві обчислювальні п (uk)
|
| has abstract
| - Anton is a massively parallel supercomputer designed and built by D. E. Shaw Research in New York, first running in 2008. It is a special-purpose system for molecular dynamics (MD) simulations of proteins and other biological macromolecules. An Anton machine consists of a substantial number of application-specific integrated circuits (ASICs), interconnected by a specialized high-speed, three-dimensional torus network. Unlike earlier special-purpose systems for MD simulations, such as MDGRAPE-3 developed by RIKEN in Japan, Anton runs its computations entirely on specialized ASICs, instead of dividing the computation between specialized ASICs and general-purpose host processors. Each Anton ASIC contains two computational subsystems. Most of the calculation of electrostatic and van der Waals forces is performed by the high-throughput interaction subsystem (HTIS). This subsystem contains 32 deeply pipelined modules running at 800 MHz arranged much like a systolic array. The remaining calculations, including the bond forces and the fast Fourier transforms (used for long-range electrostatics), are performed by the flexible subsystem. This subsystem contains four general-purpose Tensilica cores (each with cache and scratchpad memory) and eight specialized but programmable SIMD cores called geometry cores. The flexible subsystem runs at 400 MHz. Anton's network is a 3D torus and thus each chip has 6 inter-node links with a total in+out bandwidth of 607.2 Gbit/s. An inter-node link is composed of two equal one-way links (one traveling in each direction), with each one-way link having 50.6 Gbit/s of bandwidth. Each one-way link is composed of 11 lanes, where a lane is a differential pair of wires signaling at 4.6 Gbit/s. The per-hop latency in Anton's network is 50 ns. Each ASIC is also attached to its own DRAM bank, enabling large simulations. The performance of a 512-node Anton machine is over 17,000 nanoseconds of simulated time per day for a protein-water system consisting of 23,558 atoms. In comparison, MD codes running on general-purpose parallel computers with hundreds or thousands of processor cores achieve simulation rates of up to a few hundred nanoseconds per day on the same chemical system. The first 512-node Anton machine became operational in October 2008.The multiple petaFLOP, distributed-computing project Folding@home has achieved similar aggregate ensemble simulation timescales, comparable to the total time of a single continuous simulation on Anton, specifically achieving the 1.5-millisecond range in January 2010. The Anton supercomputer is named after Anton van Leeuwenhoek, who is often referred to as "the father of microscopy" because he built high-precision optical instruments and used them to visualize a wide variety of organisms and cell types for the first time. The ANTON 2 machine with four 512 nodes and its substantially increased speed and problem size has been described. The National Institutes of Health have supported an ANTON for the biomedical research community at the Pittsburgh Supercomputing Center, Carnegie Mellon University, and currently (8/20) continues with an ANTON 2 system. (en)
- Anton es una supercomputadora masivamente paralela diseñada y construida por en Nueva York, que funciona desde el 2008. Es un sistema de propósito específico para simulaciones de Dinámica molecular (DM) de proteínas y otras macromoléculas biológicas. Una máquina Anton consiste en un gran número de circuitos integrados de aplicación específica (ASIC), interconectados por una tridimensional de alta velocidad. A diferencia de sistemas de propósito específico para simulaciones DM anteriores tales como MDGRAPE-3 desarrollados por RIKEN en Japón. Anton corre sus cálculos completamente en ASIC, en lugar de dividirlos entre ASIC y hosts de propósito general. Cada ASIC de Anton contiene dos subsistemas computacionales. La mayoría de los cálculos de electroestática y Fuerzas de Van der Waals son llevadas a cabo por un subsistema de interacción de alto rendimiento (HTIS). Este subsistema contiene 32 módulos altamente canalizados corriendo a 800MHz organizados como un array sistólico. Los cálculos restantes, incluyendo fuerzas de enlace y transformadas rápidas de Fourier (usadas para electroestática de largo alcance), son llevados a cabo por el subsistema flexible. Este subsistema contiene cuatro núcloes de Tensilica (cada uno con sus memoria caché y scratchpad) y ocho núcleos SIMD especializados pero programables llamados núcleos geométricos. El subsistema flexible corre a 400 MHz. La red de Anton es un torus 3D, cada chip tiene 6 enlaces inter-nodos con un ancho de banda total (entrada + salida) de 607.2 Gbit/s. Un enlace inter-nodo está compuesto de dos enlaces unidireccionales iguales, cada uno viajando en una dirección y teniendo 50.6 Gbit/s de ancho de banda. Estos enlaces están compuestos de 11 vías, donde una vía es un par diferencial de cables señalizando a 4.6 Gbits/s. La latencia por salto en la red Anton es de 50 ns. Cada ASIC tiene adjunto su propio banco DRAM, permiendo simulaciones grandes. El desempeño de una máquina Anton de 512 nodos es de más de 17.000 nanosegundos de tiempo simulado por día para sistemas proteína-agua compuestos de 23.558 átomos. En comparación, código MD corriendo en computadoras paralelas de propósito general con cientos o miles de núcleos logran tasas de simulación de unos pocos cientos de nanosegundos por día en un mismo sistema químico. Las primera máquina Anton de 512 nodos se puso operacional en octubre del 2008. El proyecto de varios petaFLOPs de computación distribuida Folding@home ha logrado escalas de tiempo de simulación comparables al tiempo total de una solo simulación continua en Anton, específicamente logrando un rango de 1.5 milisegundos en enero de 2010. La supercomputadora Anton toma su nombre de Anton van Leeuwenhoek, quien es referido frecuentemente como "el padre del microscopía" por construir instrumentos ópticos de alta precisión y usarlos para visualizar una amplia variedad de organismos y tipos de células por primera vez. La máquina ANTON 2 se ha descripto como una mejora sustancial de velocidad y del tamaño del problema El Instituto Nacional de Salud ha dado soporte a una máquina ANTON para la comunidad de investigación biomédica en el de la Universidad Carnegie-Mellon y recientemente ha aprobado el soporte de una máquina ANTON 2 allí. (es)
- アントン（英: Anton）は、によって開発された超並列スーパーコンピュータである。タンパク質など生体高分子の分子動力学シミュレーションに特化したシステムであり、多数の専用集積回路(ASIC)が、特殊な三次元トーラス状の高速通信ネットワークにより接続されている。 理研で開発されたMDGRAPE-3など、以前の分子動力学シミュレーション専用機ではASICと汎用プロセッサとを併用していたのに対し、アントンは計算のすべてをASICにより行う。 アントンのASICは、2つのサブシステムから構成されている。第一のサブシステム、high-throughput interaction subsystem (HTIS)で、静電相互作用とファンデルワールス力の計算の大部分が実行される。このサブシステムは、800 MHzで動作する32のモジュールにより構成されており、Systolic arrayに類する方式で完全にパイプライン化されている。第二のサブシステム、flexible subsystemにより、結合長などの局所的相互作用の計算や、長距離静電相互作用の算出に必要な高速フーリエ変換が実行される。このサブシステムには、Tensilica社製の4個の汎用コアと、ジオメトリーコアと呼ばれる8個のSIMDコアが含まれており、動作クロックは400 MHzである。 通信ネットワークは三次元トーラス状になっており、各々のチップが6つのノード間接続により、入出力バンド幅607.2ギガビット毎秒で結ばれている。各ノード間接続は、等価な2個の一方向リンクであり、それぞれのリンクが50.6ギガビット毎秒のバンド幅である。さらに、各一方向リンクは11のレーンから構成されており、各レーンは4.6ギガビット毎秒の差動ペアである。アントンにおけるネットワークのホップ単位レイテンシは50ナノ秒である。それぞれのASICにDRAMが接続されていることで、大規模なシミュレーションが可能となっている。 アントン1台（512ノード）の計算性能は、23,558原子からなるタンパク質と水の混合系に対して、1日あたり17マイクロ秒（＝17,000ナノ秒）のシミュレーションが実行可能である。比較として同様のシミュレーションを、数百から数千コアの一般的な並列コンピュータで行った場合、1日あたり数百ナノ秒程度となる。512ノードの初代アントンは2008年10月に稼働開始した。複数のPeta FLOPS級の分散コンピューティングプロジェクトであるFolding@homeは、アントン上での単一の連続シミュレーションの合計時間に匹敵する、同様の集合アンサンブルシミュレーションのタイムスケールを達成した。具体的には、2010年1月に1.5ミリ秒の長さを達成した。 アントンという名称は、アントニ・ファン・レーウェンフックに由来する。レーウェンフックは、当時としては高性能な顕微鏡を自作し、はじめて種々の微生物や細胞の観察を行った人物であり、しばしば「顕微鏡の父」と称される。 第2世代のアントン2では、4つの512ノードが搭載され、大幅な高速化と問題サイズの拡大が報告された。 アメリカ国立衛生研究所は、カーネギーメロン大学のピッツバーグスーパーコンピューティングセンターで、生物医学研究コミュニティのためのアントンをサポートしており、現在では (2020/8) アントン2システムで継続されている。 (ja)
- Anton – superkomputer zbudowany w w 2008 roku do symulacji dynamiki białek i innych makromolekuł. Potrafi wiernie symulować układy 100 tys. atomów z wydajnością 5,5 mikrosekundy/dobę. Jego nazwa honoruje holenderskiego przyrodnika Antonie van Leeuwenhoek, który jako pierwszy zaobserwował bakterie pod mikroskopem. (pl)
- Антон — 512-процессорный суперкомпьютер, созданный частной компанией для моделирования молекул и лекарств, назван в честь пионера микробиологии Антони ван Левенгука. Процессоры с частотой всего 400 МГц, машина имеет скромную память, но это компенсируется архитектурой, которая позволяет обойти эту проблему методом. Эта система уникальна тем, что она будет следить за поведением молекул более длительное время, чем BlueGene/L. Это означает, что учёные смогут исследовать большее число биологических процессов. (ru)
- Anton є масовим паралельним суперкомп'ютером розробленим і побудованим D. E. Shaw Research в Нью-Йорку. Це система спеціального призначення для молекулярної динаміки (МД) симулювання білків та інших біологічних макромолекул. Машина Anton складається з значної кількості інтегральних схем для специфічного застосування ASIC (абревіатура від англ. Application-specific integrated circuit), з'єднаних між собою за допомогою спеціалізованої високошвидкісної тривимірної тор мережі. На відміну від попередніх систем спеціального призначення для симуляції МД, таких як MDGRAPE-3, розроблена RIKEN в Японії, Anton виконує свої розрахунки виключно на спеціалізованих ASICs, замість поділу обчислень між спеціалізованими ASICs і процесорами загального призначення.Кожен Anton ASIC містить дві обчислювальні підсистеми. Велика частина розрахунків електростатичних і ван дер Ваальсових сил здійснюється високопропускною підсистемою взаємодії HTIS(абревіатура від англ. high-throughput interaction subsystem) . Ця підсистема містить 32 глибоко конвеєрні модулі, що працюють на частоті 800 МГц, розташованих так само, як у систолічному масиві. Решта розрахунків, в тому числі сил зв'язку і швидких перетворень Фур'є (використовується для електростатики), виконуються гнучкою підсистемою. Ця підсистема містить чотири Tensilica ядра загального призначення (кожен з кеш-пам'яттю і scratchpad-пам’яттю) і вісім спеціалізованих але програмованих ядер SIMD, які називаються геометричними ядрами. Гнучка підсистема працює на частоті 400 МГц. Мережа Anton це тривимірний тор і, таким чином, кожна мікросхема має 6 міжвузлових зв'язків із загальною шиною входу-виходу 607,2 Гбіт / с. Міжвузлове з’єднання складається з двох однакових односторонніх з’єднань (по одному подорожуючому в кожному напрямку), кожне одностороннє з’єднання має 50,6 Гбіт / с пропускної здатності. Кожне одностороннє з’єднання складається з 11 смуг, де смуга являє собою диференційну пару проводів сигналізуючу на швидкості 4,6 Гбіт / с. Частота одного хопу в мережі Anton становить 50 наносекунд. Кожен ASIC також прикріплений до свого власного DRAM банку, що дозволяє великі симуляції.Продуктивність 512-ти вузлової Anton машини становить більше 17 000 наносекунд симульованого часу за день, для системи білок-вода, що складається з 23,558 атомів. Для порівняння, MD коди, які працюють на паралельних комп’ютерах загального призначення, які складаються з сотень або тисяч процесорних ядер, досягають швидкості симуляції всього-на-всього декількох сотень наносекунд за день. Перша 512-ти вузлова Anton машина була введена в експлуатацію в жовтні 2008 року.Декілько петафлопний проект розподілених обчислень Folding @ Home досяг показників у термінах симуляції, які можна порівняти із загальним часом єдиної безперервної симуляції на Anton, зокрема, досягнувши діапазону в 1,5 мілісекунди в січні 2010 року. Суперкомп'ютер ANTON названий на честь Антоні ван Левенгука, якого часто називають "батьком мікроскопії", тому що він побудував високоточні оптичні прилади і використовував їх для візуалізації широкого спектра організмів і типів клітин вперше.The National Institutes of Health підтримали Anton для біомедичної наукової спільноти, яка знаходиться в Pittsburgh Computing Center, Carnegie-Mellon University.Машина ANTON 2 з 128 вузлами, і з істотно збільшеною швидкістю, і розміром проблеми була описана. (uk)
|
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)
