Exon trapping is a molecular biology technique to identify potential exons in a fragment of eukaryote DNA of unknown intron-exon structure. This is done to determine if the fragment is part of an expressed gene. The technique has largely been supplanted by the approach of sequencing cDNA generated from mRNA and then using bioinformatics tools such as NCBI's BLAST server to determine the source of the sequence, thereby identifying the appropriate exon-intron splice sites.
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| - Exon Trapping (de)
- Exon trapping (en)
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| - Exon Trapping ist eine Methode, um die informationstragenden Teile der DNA, die Exons, im Labor nachzuweisen und von den nichtinformationstragenden Teilen, den Introns, zu unterscheiden. Die algorithmische Voraussage von Exons auf Grundlage von durch DNA-Sequenzierung gewonnener Daten stellt sich als äußerst schwierig dar, da die Grenzen der Exons und Introns – die sogenannten splice sites – stark degeneriert sind. Zudem beeinflussen weitere cis-Elemente, so genannte Splicing-Enhancer oder Splicing-Silencer, das Prozessieren der Primärtranskripte (vgl. auch Splicing). (de)
- Exon trapping is a molecular biology technique to identify potential exons in a fragment of eukaryote DNA of unknown intron-exon structure. This is done to determine if the fragment is part of an expressed gene. The technique has largely been supplanted by the approach of sequencing cDNA generated from mRNA and then using bioinformatics tools such as NCBI's BLAST server to determine the source of the sequence, thereby identifying the appropriate exon-intron splice sites. (en)
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| - Exon Trapping ist eine Methode, um die informationstragenden Teile der DNA, die Exons, im Labor nachzuweisen und von den nichtinformationstragenden Teilen, den Introns, zu unterscheiden. Die algorithmische Voraussage von Exons auf Grundlage von durch DNA-Sequenzierung gewonnener Daten stellt sich als äußerst schwierig dar, da die Grenzen der Exons und Introns – die sogenannten splice sites – stark degeneriert sind. Zudem beeinflussen weitere cis-Elemente, so genannte Splicing-Enhancer oder Splicing-Silencer, das Prozessieren der Primärtranskripte (vgl. auch Splicing). Wegen dieser Probleme wurde die Methode des Exon-Trappings entwickelt, um Exons experimentell nachweisen zu können. Grundlage dafür ist ein Plasmid, das nach Einbringen (vgl. Transfektion) in eukaryotische Zellen zur Expression einer RNA führt. Diese RNA enthält selber üblicherweise ein Intron, was die Zelle dann im Zuge des Splicings entfernt. Um ein Exon (oder einen Teil davon) zu finden, können nun wahllos DNA-Fragmente in dieses Intron des Plasmids kloniert werden. Befindet sich ein Exon (oder Teile davon) in diesem DNA-Fragment, so erkennt dies die zelluläre Maschinerie und berücksichtigt es beim Splicing. Dies führt dazu, dass das Exon schließlich im fertigen Produkt gefunden und daraus sequenziert werden kann (vgl. nebenstehende Abbildung).Nachteile: Zum einen stellt das Klonieren der DNA-Fragmente in den Vektor und die spätere Analyse einen zum Teil nicht unerheblichen Arbeitsaufwand da. Zum anderen werden Exons (oder Teile davon) aus dem natürlichen Kontext gerissen was unter anderem dazu führen kann, dass wichtige Elemente (wie Splicing-Enhancer) verloren gehen und Exons nicht immer zuverlässig erkannt werden. Es gibt eine Reihe von Abwandlungen dieser Exon Trapping Vektoren, prinzipiell beruht aber das Prinzip auf der oben geschilderten Theorie. Aufgrund der umfangreichen cDNA und EST-Datenbanken die mittlerweile entstanden sind verliert das Exon-Trapping zunehmend an Bedeutung. (de)
- Exon trapping is a molecular biology technique to identify potential exons in a fragment of eukaryote DNA of unknown intron-exon structure. This is done to determine if the fragment is part of an expressed gene. The genomic fragment is inserted into the intron of a 'splicing vector' consisting of a known exon - intron - exon sequence of DNA, and the vector is then inserted into an eukaryotic cell. If the fragment does not contain exons (i.e., consists solely of intron DNA), it will be spliced out together with the vector's original intron. On the other hand, if exons are contained, they will be part of the mature mRNA after transcription (with all intron material removed). The presence of 'trapped exons' can be detected by an increase in size of the mRNA, or through RT-PCR to amplify the DNA of interest. The technique has largely been supplanted by the approach of sequencing cDNA generated from mRNA and then using bioinformatics tools such as NCBI's BLAST server to determine the source of the sequence, thereby identifying the appropriate exon-intron splice sites. (en)
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