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| - إنديل في علم الجينات (بالإنجليزية: Indel وجمعها Indels) هي كلمة مدمجة من كلمتي Insertion و Deletion خلال طفرة في جينوم . Insertion في علم الأحياء هو إضافة زوج قاعدي على الأقل في سلسلة الرنا أو الدنا. وDeletion هو حيث تفقد سلسلة الرنا أو سلسلة الدنا زوجا قاعديا على الأقل . وتعبر الكلمة المدمجة إنديل عن إمكانية حدوث حذف أو إضافة في المورثات حيث يمكن لكلاهما أن يحدث على نفس الجين أو الدنا. قد يؤدي اجتماع ادماج مع حذف (إنديل) -حيث لا تعرف تأثيراتهما تماما - إلى تغير في شكل الكائن ، مثلما عند دراسة جينات أجيال الكلاب و الذئاب. (ar)
- Das Wort Indel (Plural: Indels) ist ein Kofferwort aus Insertion und Deletion bei Mutationen im Genom. Die Bezeichnung Indel dient dazu, Mutationen durch Insertion oder Deletion zusammenzufassen, wo diese durch ihre ähnlichen Effekte nicht unterscheidbar oder in ihrem Ergebnis gleich sind. Insbesondere werden resultierende Polymorphismen, die auf einer kombinierten Deletions/Insertions-Mutation beruhen, als Indels bezeichnet; so zum Beispiel bei der genetischen Untersuchung von Hunde- und Wolfspopulationen oder pflanzlichen Chloroplasten. Nach einer aktuellen Definition des 1000-Genome-Projekts werden kleinere Insertionen und Deletionen einer Länge von nicht mehr als 50 Nukleotidbausteinen als Indels bezeichnet, größere Insertionen und Deletionen hingegen als strukturelle Varianten (auch K (de)
- La palabra indel es una contracción de " o deleción", en referencia a los dos tipos de mutaciones genéticas que se consideran a menudo juntas a causa de su efecto similar y la incapacidad de distinguir entre ellas en una comparación de dos secuencias. En regiones codificantes del genoma, a menos que la longitud de un indel sea un múltiplo de 3, produce una mutación de cambio de marco. La mutación más común que causa la fibrosis quística en el gen receptor transmembrana de la fibrosis quística (CFTR) es una eliminación de tres bases que codifican fenilalanina en la posición 508 de la proteína (Δ F508 o p.F508del). (es)
- Indel is a molecular biology term for an insertion or deletion of bases in the genome of an organism. It is classified among small genetic variations, measuring from 1 to 10 000 base pairs in length, including insertion and deletion events that may be separated by many years, and may not be related to each other in any way.A microindel is defined as an indel that results in a net change of 1 to 50 nucleotides. (en)
- Indel est un mot-valise utilisé en génétique et en bio-informatique pour désigner une insertion ou une délétion dans une séquence biologique (acide nucléique ou protéine) par rapport à une séquence de référence. On peut observer en particulier mettre en évidence des indels lorsqu'on effectue des comparaisons au moyen de programmes d'alignement de séquences. Le terme indel a été introduit parce que la notion d'insertion ou de délétion est relative suivant le choix de la séquence utilisée comme référence : à une insertion dans une séquence correspond une délétion dans la séquence qui lui est comparée. Indel permet ainsi de désigner globalement la variation biologique, sans préjuger de quelle séquence constitue la référence. Le mot indel a été inventé par le mathématicien Joseph Kruskal. (fr)
- Indel adalah istilah biologi molekuler untuk (penyisipan) atau (penghapusan) basa dalam genom suatu organisme. Indel diklasifikasikan ke dalam variasi genetik kecil, berukuran dari 1 hingga 10.000 pasangan basa, termasuk peristiwa insersi dan delesi yang dapat terpisah bertahun-tahun, dan mungkin tidak saling terkait dengan cara apa pun. Sebuah mikroindel didefinisikan sebagai indel yang menghasilkan perubahan bersih dari 1 hingga 50 nukleotida. (in)
- インデル（Indel）とは遺伝学の用語であり、ゲノムへのDNAの塩基配列の挿入（insertion）または欠失（deletion）のどちらかあるいは両方を意味する。和語では挿入欠失ともいう。1万塩基対までの小規模な遺伝子変異に分類される。長い期間を経て離れ、かつ、他の変異と関係を持たない変異も含む。ミクロインデル（microindel）は、正味50塩基対までのインデルである。 ゲノムのコーディング領域では、インデルの長さが3の倍数でない限り、インデルはフレームシフト突然変異を起こす。例えば、を引き起こすフレームシフト突然変異の原因となるミクロインデルが日本人とユダヤ人に広く存在している。インデルは点変異やTandem Base Mutations (TBM)とは異なる。一塩基のインデルはゲノム配列から一塩基が挿入されたり削減されたりすることで、ゲノムの塩基長が増えるか減る。点変異は配列内での一塩基の位置の変化でありゲノム総数は変化しない。TBMとは発生機序が根本的に異なり、TBMは隣接する二つまたは稀に三つの塩基配列の位置が入れ替わる現象である。 インデルは、土着の生物群集における遺伝的特徴のマーカーとして、特に系統学において利用される。複数のインデルを有するゲノム領域は、種を特定するための根拠となる。 (ja)
- In biologia molecolare (in contesto evolutivo) il termine Indel si usa come abbreviazione di un evento di mutazione/ricombinazione che può far parte di due classi: una inserzione (insertion) o una cancellazione (deletion) che possono essere avvenute nel corso degli anni e che hanno prodotto delle differenze negli individui (più in generale nelle sequenze di DNA) in esame. Poiché una inserzione di basi in un individuo può essere vista come la cancellazione di basi per l'altro individuo, i due eventi sono mutualmente simmetrici. (it)
- Indel is een verzamelnaam voor een bepaald type mutaties van het DNA. Het gaat om veranderingen waarbij één of meer nucleotides worden ingevoegd (IN-sertie) of juist verloren gaan (DEL-etie). In de meeste gevallen gaat het om een verandering van één nucleotide. Een indel in een gebied dat codeert voor een eiwit heeft meestal een ernstig effect op de eiwitproductie. Toevoegen of weglaten van een nucleotide leidt namelijk tot een verstoring van het leesraam: dit wordt frameshiftmutatie genoemd. Daarom zijn ze meestal ernstiger dan puntmutaties; echter puntmutaties komen veel frequenter voor. (nl)
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| - إنديل في علم الجينات (بالإنجليزية: Indel وجمعها Indels) هي كلمة مدمجة من كلمتي Insertion و Deletion خلال طفرة في جينوم . Insertion في علم الأحياء هو إضافة زوج قاعدي على الأقل في سلسلة الرنا أو الدنا. وDeletion هو حيث تفقد سلسلة الرنا أو سلسلة الدنا زوجا قاعديا على الأقل . وتعبر الكلمة المدمجة إنديل عن إمكانية حدوث حذف أو إضافة في المورثات حيث يمكن لكلاهما أن يحدث على نفس الجين أو الدنا. قد يؤدي اجتماع ادماج مع حذف (إنديل) -حيث لا تعرف تأثيراتهما تماما - إلى تغير في شكل الكائن ، مثلما عند دراسة جينات أجيال الكلاب و الذئاب. (ar)
- Das Wort Indel (Plural: Indels) ist ein Kofferwort aus Insertion und Deletion bei Mutationen im Genom. Die Bezeichnung Indel dient dazu, Mutationen durch Insertion oder Deletion zusammenzufassen, wo diese durch ihre ähnlichen Effekte nicht unterscheidbar oder in ihrem Ergebnis gleich sind. Insbesondere werden resultierende Polymorphismen, die auf einer kombinierten Deletions/Insertions-Mutation beruhen, als Indels bezeichnet; so zum Beispiel bei der genetischen Untersuchung von Hunde- und Wolfspopulationen oder pflanzlichen Chloroplasten. Nach einer aktuellen Definition des 1000-Genome-Projekts werden kleinere Insertionen und Deletionen einer Länge von nicht mehr als 50 Nukleotidbausteinen als Indels bezeichnet, größere Insertionen und Deletionen hingegen als strukturelle Varianten (auch Kopienzahlvarianten, englisch CNVs). Indels in konservierten proteincodierenden DNA-Sequenzen (Conserved signature indel) können zur Erstellung eines phylogenetischen Baums verwendet werden. (de)
- La palabra indel es una contracción de " o deleción", en referencia a los dos tipos de mutaciones genéticas que se consideran a menudo juntas a causa de su efecto similar y la incapacidad de distinguir entre ellas en una comparación de dos secuencias. En regiones codificantes del genoma, a menos que la longitud de un indel sea un múltiplo de 3, produce una mutación de cambio de marco. La mutación más común que causa la fibrosis quística en el gen receptor transmembrana de la fibrosis quística (CFTR) es una eliminación de tres bases que codifican fenilalanina en la posición 508 de la proteína (Δ F508 o p.F508del). Los indeles pueden compararse con una mutación puntual; cuando por un indel se insertan o eliminan nucleótidos de una secuencia, una mutación puntual es una forma de sustitución en la que se reemplaza uno de los nucleótidos. Un cambio "indel" de una sola base de ADN que esté codificando parte de un ARNm, resultará en un frameshift o desplazamiento del marco de lectura al traducir el ARNm y quizás se lea hasta llegar a un inadecuado (por prematuro) codón de parada en un marco diferente. Los indels son poco frecuentes en las regiones de codificación, pero son comunes en regiones no codificantes. El término "indel" ha sido cooptado en los últimos años por los científicos del genoma para su uso en el sentido descrito más arriba. Tenga en cuenta que este es un cambio con respecto a su significado y uso original, que tuvo su origen en el campo de la sistemática, en referencia a las diferencias entre secuencias, como la de dos especies diferentes, en las que es imposible deducir si una especie ha perdido la secuencia o si la otra especie la adquirió. Por ejemplo, las especies A tienen 4 nucleótidos G en un determinado locus, pero las especies B tiene 5 G en el mismo lugar. Si el modo de selección es desconocido, entonces, es igualmente posible que una especie podría haber perdido una G (un evento de "supresión") o las especies B podrían haber ganado la G (un caso de "inserción"). En los casos en los que sea imposible inferir la dirección filogenética del cambio en la secuencia, este cambio será denominado "indel". (es)
- Indel is a molecular biology term for an insertion or deletion of bases in the genome of an organism. It is classified among small genetic variations, measuring from 1 to 10 000 base pairs in length, including insertion and deletion events that may be separated by many years, and may not be related to each other in any way.A microindel is defined as an indel that results in a net change of 1 to 50 nucleotides. In coding regions of the genome, unless the length of an indel is a multiple of 3, it will produce a frameshift mutation. For example, a common microindel which results in a frameshift causes Bloom syndrome in the Jewish or Japanese population. Indels can be contrasted with a point mutation. An indel inserts or deletes nucleotides from a sequence, while a point mutation is a form of substitution that replaces one of the nucleotides without changing the overall number in the DNA. Indels can also be contrasted with Tandem Base Mutations (TBM), which may result from fundamentally different mechanisms. A TBM is defined as a substitution at adjacent nucleotides (primarily substitutions at two adjacent nucleotides, but substitutions at three adjacent nucleotides have been observed). Indels, being either insertions, or deletions, can be used as genetic markers in natural populations, especially in phylogenetic studies. It has been shown that genomic regions with multiple indels can also be used for species-identification procedures. An indel change of a single base pair in the coding part of an mRNA results in a frameshift during mRNA translation that could lead to an inappropriate (premature) stop codon in a different frame. Indels that are not multiples of 3 are particularly uncommon in coding regions but relatively common in non-coding regions. There are approximately 192-280 frameshifting indels in each person. Indels are likely to represent between 16% and 25% of all sequence polymorphisms in humans. In fact, in most known genomes, including humans, indel frequency tends to be markedly lower than that of single nucleotide polymorphisms (SNP), except near highly repetitive regions, including homopolymers and microsatellites. The term "indel" has been co-opted in recent years by genome scientists for use in the sense described above. This is a change from its original use and meaning, which arose from systematics. In systematics, researchers could find differences between sequences, such as from two different species. But it was impossible to infer if one species lost the sequence or the other species gained it. For example, species A has a run of 4 G nucleotides at a locus and species B has 5 G's at the same locus. If the mode of selection is unknown, one can not tell if species A lost one G (a "deletion" event") or species B gained one G (an "insertion" event). When one cannot infer the phylogenetic direction of the sequence change, the sequence change event is referred to as an "indel". (en)
- Indel est un mot-valise utilisé en génétique et en bio-informatique pour désigner une insertion ou une délétion dans une séquence biologique (acide nucléique ou protéine) par rapport à une séquence de référence. On peut observer en particulier mettre en évidence des indels lorsqu'on effectue des comparaisons au moyen de programmes d'alignement de séquences. Le terme indel a été introduit parce que la notion d'insertion ou de délétion est relative suivant le choix de la séquence utilisée comme référence : à une insertion dans une séquence correspond une délétion dans la séquence qui lui est comparée. Indel permet ainsi de désigner globalement la variation biologique, sans préjuger de quelle séquence constitue la référence. Le mot indel a été inventé par le mathématicien Joseph Kruskal. Les indels sont la conséquence de mutations génétiques donnant lieu à des variations de séquence, soit au sein de la même espèce (c'est un exemple de variation allélique), soit entre espèces, au cours de l'évolution. On estime par exemple que le génome humain contiendrait environ 500 000 sites polymorphiques correspondant à des indels. (fr)
- Indel adalah istilah biologi molekuler untuk (penyisipan) atau (penghapusan) basa dalam genom suatu organisme. Indel diklasifikasikan ke dalam variasi genetik kecil, berukuran dari 1 hingga 10.000 pasangan basa, termasuk peristiwa insersi dan delesi yang dapat terpisah bertahun-tahun, dan mungkin tidak saling terkait dengan cara apa pun. Sebuah mikroindel didefinisikan sebagai indel yang menghasilkan perubahan bersih dari 1 hingga 50 nukleotida. Di genom, kecuali jika panjang indel adalah kelipatan 3, indel akan menghasilkan . Misalnya, sebuah mikroindel umum yang menghasilkan pergeseran bingkai menyebabkan pada populasi Yahudi atau Jepang. Indels dapat dikontraskan dengan . Indel menyisipkan dan menghapus nukleotida dari suatu urutan, sementara mutasi titik adalah suatu bentuk substitusi yang menggantikan salah satu nukleotida tanpa mengubah jumlah nukleotida keseluruhan dalam DNA. Indel juga dapat dikontraskan dengan Tandem Base Mutations (TBM), yang mungkin dihasilkan dari mekanisme yang berbeda secara fundamental. TBM didefinisikan sebagai substitusi pada nukleotida yang berdekatan (terutama substitusi pada dua nukleotida yang berdekatan, tetapi substitusi pada tiga nukleotida yang berdekatan telah diamati. Indel, baik berupa insersi, atau delesi, dapat digunakan sebagai penanda genetik pada populasi alami, terutama dalam studi filogenetik. Telah diperlihatkan bahwa daerah genomik dengan banyak indel juga dapat digunakan untuk prosedur identifikasi spesies. Perubahan indel dari pasangan basa tunggal di bagian pengode mRNA menghasilkan pergeseran bingkai selama translasi mRNA yang dapat menyebabkan yang tidak tepat (prematur) dalam bingkai yang berbeda. Indel yang bukan kelipatan 3 tidak lazim ditemukan di daerah pengode tetapi relatif umum di daerah bukan pengode. Ada sekitar 192-280 indel pergeseran bingkai di setiap orang. Indel mungkin mewakili antara 16% dan 25% dari semua polimorfisme sekuens pada manusia. Faktanya, pada genom yang paling dikenal, termasuk manusia, frekuensi indel cenderung jauh lebih rendah daripada polimorfisme nukleotida tunggal (single-nucleotide polymorphism, SNP), kecuali di dekat daerah yang sangat berulang, termasuk homopolimer dan . Istilah "indel" telah dikooptasi dalam beberapa tahun terakhir oleh para ilmuwan genom untuk digunakan dalam pengertian yang dijelaskan di atas. Ini adalah perubahan dari penggunaan dan makna aslinya, yang muncul dari sistematika. Dalam sistematika, peneliti dapat menemukan perbedaan antara urutan DNA, seperti dari dua spesies yang berbeda. Tetapi tidak mungkin untuk menyimpulkan jika satu spesies mengalami delesi atau spesies lain mengalami insersi. Sebagai contoh, spesies A memiliki urutan 4 nukleotida G di suatu lokus dan spesies B memiliki 5 G di lokus yang sama. Jika mode seleksi tidak diketahui, seseorang tidak dapat mengetahui apakah spesies A kehilangan satu G (peristiwa "delesi") atau spesies B memperoleh satu G (peristiwa "insersi"). Ketika seseorang tidak dapat menyimpulkan arah filogenetik dari perubahan urutan DNA, kejadian perubahan urutan disebut sebagai "indel". (in)
- インデル（Indel）とは遺伝学の用語であり、ゲノムへのDNAの塩基配列の挿入（insertion）または欠失（deletion）のどちらかあるいは両方を意味する。和語では挿入欠失ともいう。1万塩基対までの小規模な遺伝子変異に分類される。長い期間を経て離れ、かつ、他の変異と関係を持たない変異も含む。ミクロインデル（microindel）は、正味50塩基対までのインデルである。 ゲノムのコーディング領域では、インデルの長さが3の倍数でない限り、インデルはフレームシフト突然変異を起こす。例えば、を引き起こすフレームシフト突然変異の原因となるミクロインデルが日本人とユダヤ人に広く存在している。インデルは点変異やTandem Base Mutations (TBM)とは異なる。一塩基のインデルはゲノム配列から一塩基が挿入されたり削減されたりすることで、ゲノムの塩基長が増えるか減る。点変異は配列内での一塩基の位置の変化でありゲノム総数は変化しない。TBMとは発生機序が根本的に異なり、TBMは隣接する二つまたは稀に三つの塩基配列の位置が入れ替わる現象である。 インデルは、土着の生物群集における遺伝的特徴のマーカーとして、特に系統学において利用される。複数のインデルを有するゲノム領域は、種を特定するための根拠となる。 上記のように、コーディング領域における一塩基対のインデルはフレームシフト突然変異の原因となる。その領域が転写されてmRNAが合成された際、mRNAの配列に反映される。これにより他の領域にあった終止コドンが移動した場合、異常なタイミングで転写が止まる原因となる。このような、終止コドンの位置が異常な変異mRNAはナンセンス変異依存mRNA分解機構かにより分解除去される。しかし、多型インデルはタンパク質の末端領域に集まり、ナンセンス変異依存mRNA分解機構を回避する傾向にある。この傾向は、嗅覚に関与すると予想されている遺伝子で確認されている。このことは、（mRNA分解機構を回避する）多くのインデルとフレームシフト変異は中立であり、表現型の変異を引き起こさないことが示唆する。 3の倍数のインデルはコード領域では珍しいが、非コード領域では比較的一般的である。ヒトには個々人で約192-280箇所のフレームシフトインデルが存在する。人間のゲノム配列の16-25%はインデルであると考えられている。 (ja)
- In biologia molecolare (in contesto evolutivo) il termine Indel si usa come abbreviazione di un evento di mutazione/ricombinazione che può far parte di due classi: una inserzione (insertion) o una cancellazione (deletion) che possono essere avvenute nel corso degli anni e che hanno prodotto delle differenze negli individui (più in generale nelle sequenze di DNA) in esame. Poiché una inserzione di basi in un individuo può essere vista come la cancellazione di basi per l'altro individuo, i due eventi sono mutualmente simmetrici. A seconda del motivo che ha generato la mutazione/ricombinazione si possono distinguere 3 classi:
* Indel corte, lunghe 1-5 basi consecutive che possono essere state causate da un errore di trascrizione del genoma;
* Indel medie, lunghe da 100 fino a 30k basi che possono essere state causate dall'inserimento di elementi trasponibili;
* Indel lunghe, lunghe più di 30k basi e che possono essere state causate dalla ricombinazione genetica. (it)
- Indel is een verzamelnaam voor een bepaald type mutaties van het DNA. Het gaat om veranderingen waarbij één of meer nucleotides worden ingevoegd (IN-sertie) of juist verloren gaan (DEL-etie). In de meeste gevallen gaat het om een verandering van één nucleotide. Een indel in een gebied dat codeert voor een eiwit heeft meestal een ernstig effect op de eiwitproductie. Toevoegen of weglaten van een nucleotide leidt namelijk tot een verstoring van het leesraam: dit wordt frameshiftmutatie genoemd. Daarom zijn ze meestal ernstiger dan puntmutaties; echter puntmutaties komen veel frequenter voor. Taalkundig is de term indel een lettergreepwoord. (nl)
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