About: Substitution model

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- Rule:
- Inverse Functional Properties:
- "Same As":

About: Substitution model Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : yago:Whole100003553, within Data Space : dbpedia.demo.openlinksw.com associated with source document(s)
QRcode icon

http://dbpedia.demo.openlinksw.com/describe/?url=http%3A%2F%2Fdbpedia.org%2Fresource%2FSubstitution_model

In biology, a substitution model, also called models of DNA sequence evolution, are Markov models that describe changes over evolutionary time. These models describe evolutionary changes in macromolecules (e.g., DNA sequences) represented as sequence of symbols (A, C, G, and T in the case of DNA). Substitution models are used to calculate the likelihood of phylogenetic trees using multiple sequence alignment data. Thus, substitution models are central to maximum likelihood estimation of phylogeny as well as Bayesian inference in phylogeny. Estimates of evolutionary distances (numbers of substitutions that have occurred since a pair of sequences diverged from a common ancestor) are typically calculated using substitution models (evolutionary distances are used input for distance methods suc

Attributes	Values
rdf:type	yago:WikicatStochasticModels yago:Assistant109815790 yago:CausalAgent100007347 yago:LivingThing100004258 yago:Model110324560 yago:Object100002684 yago:Organism100004475 yago:Person100007846 yago:PhysicalEntity100001930 yago:Worker109632518 yago:YagoLegalActor yago:YagoLegalActorGeo yago:Whole100003553
rdfs:label	Substitution model (en) Модель замен (ru) Модель заміщення нуклеотидів (uk)
rdfs:comment	Модель замен (в биологии) - набор теоретических или эмпирических правил, описывающих процесс замещения нуклеотидов или аминокислот в ходе эволюции последовательности ДНК или белка. Изменение нуклеотидных последовательностей в результате случайных замен нуклеотидов, инсерций и делеций ведет к дивергенции последовательностей в ходе эволюции. Такие изменения могут оставаться на уровне ДНК или же приводить к изменению белковой последовательности, в результате чего белок может утратить свою функциональность или приобрести новые свойства. Выбор правил, по которым одни нуклеотиды или аминокислоты замещаются другими с течением времени, является важной составляющей частью моделирования эволюции и тестирования филогенетических гипотез. (ru) In biology, a substitution model, also called models of DNA sequence evolution, are Markov models that describe changes over evolutionary time. These models describe evolutionary changes in macromolecules (e.g., DNA sequences) represented as sequence of symbols (A, C, G, and T in the case of DNA). Substitution models are used to calculate the likelihood of phylogenetic trees using multiple sequence alignment data. Thus, substitution models are central to maximum likelihood estimation of phylogeny as well as Bayesian inference in phylogeny. Estimates of evolutionary distances (numbers of substitutions that have occurred since a pair of sequences diverged from a common ancestor) are typically calculated using substitution models (evolutionary distances are used input for distance methods suc (en) У біології модель заміщення нуклеотидів, яку також називають модель еволюції послідовності ДНК, — модель Маркова, яка описує зміни протягом еволюційного часу. Ці моделі описують еволюційні зміни в макромолекулах (наприклад, послідовності ДНК), представлених у вигляді послідовності символів (A, C, G і T у випадку ДНК). Моделі заміщення використовуються для обчислення ймовірності отримання філогенетичних дерев з використанням даних вирівнювання кількох послідовностей. Таким чином, калькуляція моделі заміщення є важливим етапом для оцінки максимальної правдоподібності філогенезу, а також баєсового висновування. Оцінки еволюційних відстаней (кількість замін, які відбулися після того, як пара послідовностей розійшлися від спільного предка) зазвичай розраховуються з використанням моделей заміщен (uk)
foaf:depiction
dcterms:subject	Bioinformatics Statistical genetics Computational phylogenetics Stochastic models
Wikipage page ID	1937800 (xsd:integer)
Wikipage revision ID	1102226853 (xsd:integer)
Link from a Wikipage to another Wikipage	Cambrian explosion Bayesian inference in phylogeny Primate Proteins Purine Pyrimidine Rodent Nucleotide Metabolic rate Bat Bird Detailed balance Hummingbird Joseph Felsenstein DNA Vertebrate Degrees of freedom (statistics) Nuisance parameter Null distribution Bioinformatics Matrix (mathematics) Matrix exponential Maximum likelihood estimation Gene expression Generation time Genetic code Genome Nonsense mutation Cladistic Cladistics Molecular clock Monte Carlo method Moore's law Motoo Kimura Thomas H. Jukes Nonsynonymous substitution Archaea Alphabet (computer science) Likelihood function Mammal Simon Tavaré PAUP* Point accepted mutation Protein structure Synonymous substitution Systematics Markov model Bacteria Statistical genetics Transition (genetics) Distance matrices in phylogeny Codon Hadamard transform DNA codon table Baltimore classification Ostrich Cattle Fossil Ka/Ks ratio Protein RNA Time reversibility Speciation Computational phylogenetics Stochastic models Charles Cantor Jerzy Neyman Karl Popper Cultural evolutionism Diagonalizable matrix BLOSUM Margaret Oakley Dayhoff Phylogenetic tree DNA sequence

Faceted Search & Find service v1.17_git139 as of Feb 29 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 08.03.3330 as of Mar 19 2024, on Linux (x86_64-generic-linux-glibc212), Single-Server Edition (378 GB total memory, 59 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software